城門河隨著時代的改變: 80年代的城門河到90年代的城門河

1980年代，城門河曾經受到鄰近工業區及住宅等排出的污水所污染，河水完全不適合任何生物生存。港英政府於1988年開始實施多項措施，以改善城門河的水質，包括禁止任何廢水排放到城門河，禁止沙田區居民飼養禽畜，亦把區內所有鄉村的污水，排放到沙田污水處理廠進行處理。政府亦把沙田濾水廠的明礬淤泥收集，加以處理，及把經污水處理廠處理的污水排放到維多利亞港。近年，政府亦在文禮閣附近興建了一條約250米長的人工河堤，及挖掘由香港體育學院至文禮閣的一段城門河河床，以減輕該處的污染及異味情況。城門河發出臭味，是因為河道在過去被有機物(禽畜廢物、住宅污水)污染，污染物沉積在河床上並分解，造成水中氧氣減少。雖然城門河近年的污染問題已大為改善，但原生河床底泥中的微生物，在缺氧情況下分解有機物質，會釋放出惡臭的硫化物，這就是臭味的原因。

這些措施成效顯著，城門河的水質逐漸得到改善。自1993年開始，水質指標由普通轉為良好，河裡亦開始發現魚類及無脊椎動物。1987年城門河的有機污染物生化需氧量約每天9,000公斤，1997年底，城門河的污水排放量減少接近90%，生化需氧量已降至大約每天1,050公斤。